مدفن ائمه معصومين عليهم السلام به ترتيب عبارت است از:
 پيامبر اكرم(ص) در مدينه *
 حضرت زهرا(س)*
قبر آن حضرت به طور مشخص معلوم نيست; ولى احتمال دارد در يكى از اين سه جا باشد: 1. قبرستان بقيع. 2. خانه‌ى خود آن حضرت که هم اکنون داخل در محدوده مسجد النبى«صلى الله عليه و آله» و نزدیک به قبر پيامبر می‌باشد. 3. مسجد النبى «صلى الله عليه و آله»، بين قبر و منبر. بايد توجّه داشت كه پنهان بودن قبر آن بانوی گرامى دليل روشنى بر مظلوميّت آن حضرت و غصب خلافت از سوى خلفاى سه گانه است.
به هر حال يكى از سؤالاتى كه جوابش معلوم نيست اين سوال است: «قبر حضرت فاطمه زهرا سلام الله عليها - تنها فرزندی که پس از رحلت پیامبر برای مسلمانان به یادگار مانده بود- در كجاست؟» علت مخفى بودن قبر حضرت زهرا(س) وصيت آن حضرت است. اين وصيت فلسفه حكيمانه‏اى دارد و در واقع نوعى افشاگرى و اعلام تاريخى اعتراض فاطمه(س) بر جريان خلافت است. حضرتش با اين وصيت تاريخ را همواره با سوالى مواجه مى‏سازد كه پاسخ قاطع آن به همراهش مى‏باشد يعنى نشان مى‏دهد كه آن حضرت از وضع موجود ناراضى بوده و با توجه به آنكه پيامبر(ص) طبق نقل متواتر شيعه و سنى مكررا مى‏فرمود: «رضاى فاطمه رضاى خدا وپيامبر است و غضب او غضب آنهاست». از اين رو آن حضرت سند زنده‏اى در تاريخ مبنى بر غير اسلامى بودن آنچه رخ داد، باقى گذارد. پدر آيةالله نجفى مرعشى مدتى رياضت كشيد و به امامان توسل كرد تا محل قبر فاطمه زهرا سلام الله عليها را بشناسد. پس از توسل‏هاى زياد به او الهام شده كه تو كارى نداشته باش كه قبر حضرت فاطمه زهرا سلام الله عليها در كجاست و هر وقت خواستى فاطمه زهرا سلام الله عليها را زيارت كنى در قم حضرت فاطمه معصومه سلام الله عليها را زيارت كن. از اين داستان معلوم مى‏شود كه جواب برخى از سوالات نبايد مشخص باشد و مصلحت در مبهم ماندن آن جواب است.
 حضرت علي (ع) در نجف اشرف در عراق*
 امام حسن (ع) و امام سجاد(ع) و امام صادق(ع) و امام باقر(ع) در قبرستان بقيع در مدينه*
امام حسين (ع) در كربلاي معلا در عراق*
 امام موسي كاظم(ع) و امام جواد (ع) در كاظمين عراق*
 امام رضا (ع) در طوس(مشهد كنوني)*
 امام هادي(ع) و امام حسن عسگري(ع) در سامراء عراق مدفون ميباشند*